L'histoire commence dans le petit village d’Angoustrine en Cerdagne où nait Joseph Carbonell : il y mène avec sa famille une vie pauvre et difficile. C'est dans ce même village que vient Monsieur Pessailhan, libraire à Marseille, qui un jour dit au père de Joseph : « quand ce petit sera plus grand, tu me le confieras, je l’emmenerai à Marseille et je lui apprendrais mon métier ». C’est ainsi qu’à l’âge de 14 ou 15 ans, Joseph vint à Marseille.
La librairie Pessailhan était située à l’angle de la rue de la Darse et de la rue Paradis. Joseph y tavailla quelques années puis il fonda en 1882 la "Librairie des Allées" avec l’aide financière de son protecteur. La librairie prospéra au fil des ans et devint la première librairie de la ville, spécialisée notamment en manuels scolaires et, à ce titre, fort connue de tous les enseignants.
Rachetée en 1919 par Ernest Maupetit, la "Librairie des allées" située alors au 56 allée de Meilhan change de nom en 1927 quand la Canebière est prolongée jusqu’aux Réformés et devient la "Librairie Maupetit". Ernest voulait constituer une grande librairie multi-spécialiste sur l'artère principale de la ville. Il s'emploie donc à la diversifier avec l'aide de son fils Victor qui en reprendra la direction en 1950 jusqu’en 1989. Puis, après quelques vicissitudes, les éditions Actes Sud s'en portent acquéreur en 1998.
Depuis sa création, la librairie s'est agrandie pour atteindre sa surface de vente actuelle ; en 2013, Maupetit ouvre un nouvel établissement au sein du MuCEM (revendu en 2021), et deux librairies éphémères quand Marseille devient Capitale Européenne de la Culture. Une salle d’exposition, Maupetit - Côté Galerie, consacrée à la photographie, ouvre au 1er étage du 142 et permet d’affirmer une nouvelle fois cette ambition de participer activement à la vie culturelle de Marseille.
Composée aujourd'hui d'une équipe de 25 personnes, la librairie organise de nombreuses animations, ateliers et rencontres. Plus ancienne librairie de Marseille, la librairie Maupetit est devenu l’un des lieux culturels incontournables de la ville.
